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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengsoapdenovo_02_0007.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令拷贝用例文件并进入测试目录。

```
cp SRR742200_1.fastq.gz
/path/to/SOAPDENOVO/
SOAPdenovo2-r241
cp SRR742200_2.fastq.gz
/path/to/SOAPDENOVO/
SOAPdenovo2-r241
cd
/path/to/SOAPDENOVO
/
SOAPdenovo2-r241
```


3. 执行以下命令解压算例文件。

```
gzip -d SRR742200_1.fastq.gz
gzip -d SRR742200_2.fastq.gz
```


4. 执行以下命令清除缓存。

```
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
```


5. 执行以下命令创建配置文件。

  a. 创建配置文件。

```
vi config_file
```


  b. 按“i”进入编辑模式，添加如下内容。

```
max_rd_len=100
[LIB]
avg_ins=200
reverse_seq=0
asm_flags=3
rd_len_cutoff=100
rank=1
q1=SRR742200_1.fastq
q2=SRR742200_2.fastq
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令运行用例。

```
{ time -p ./SOAPdenovo-63mer all -s config_file -K 63 -p 96 -R -o graph_prefix; } 2>&1 |tee  SOAPdenovo.log
```


  需要查看“SOAPdenovo.log”日志中的“real”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。

  输出的结果样例如图1所示。

  图1 结果样例