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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入源码包位置。

```
cd
/path/to/tassel
/tassel-5-standalone
```


3. 执行以下命令计算kinship矩阵。

```
./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -ck -export kinship.txt
```


4. 执行以下命令计算LD分析。

```
./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -ld -ldd png -o chr_5000sites_ld.png
./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -ld -export LD_5000sites
```


5. 执行以下命令提取染色体。

  - 提取每条染色体。

```
./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -separate -export chromosome
```


  - 提取1和3号染色体。

```
./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -separate 1,3 -export chromosome
```


6. 执行以下命令做MLM分析。

```
./run_pipeline.pl -fork1 -h TASSELTutorialData/data/mdp_genotype.hmp.txt -filterAlign -filterAlignMinFreq 0.05 -fork2 -r TASSELTutorialData/data/mdp_traits.txt -fork3 -q TASSELTutorialData/data/mdp_population_structure.txt -excludeLastTrait -fork4 -k TASSELTutorialData/data/mdp_kinship.txt -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -export lilibei -runfork1 -runfork2 -runfork3 -runfork4
```