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title: 安装Bowtie2
description: "TopHat在测试数据时需要PATH环境中有Bowtie2或者Bowtie命令，因此需要先安装Bowtie2。"
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# 安装Bowtie2

TopHat在测试数据时需要PATH环境中有Bowtie2或者Bowtie命令，因此需要先安装Bowtie2。

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入Bowtie2安装目录。

```
cd
/path/to/BOWTIE2
```


3. 执行以下命令解压Bowtie2源码包。

```
unzip bowtie2-2.3.5.1-source.zip
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd bowtie2-2.3.5.1
```


5. 执行以下命令解压SIMDe。

```
unzip simde-master.zip
```


6. 执行以下命令将SIMDe的文件拷贝到Bowtie2中。

```
cp -a simde-master/simde bowtie2-2.3.5.1/third_party/simde/
```


7. 执行以下命令确认“bowtie2-2.3.5.1/third_party/simde/simde/x86/sse2.h”文件存在。

```
cd
/path/to/BOWTIE2
/bowtie2-2.3.5.1/third_party/simde/simde/x86
```

```
-rw-r--r-- 1 root root 99060 Aug  5 04:12 sse2.h
```


8. 执行以下命令进入“bowtie2-2.3.5.1”目录。

```
cd
/path/to/BOWTIE2
/bowtie2-2.3.5.1
```


9. 执行以下命令进行编译。

```
make NO_TBB=1 POPCNT_CAPABILITY=0 all
```


10. 执行以下命令加载环境变量。

```
export PATH=
/path/to/BOWTIE2
/bowtie2-2.3.5.1:$PATH
```