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title: 安装Bowtie2
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 安装Bowtie2

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 使用SFTP工具将Bowtie2、SIMDe和sse2neno安装包上传至服务器“/path/to/BOWTIE2”目录。
3. 执行以下命令，解压安装包并进入解压后的目录。

```
cd
/path/to/BOWTIE2
unzip bowtie2-2.3.5.1-source.zip
tar -zxf v0.7.0-rc-1.tar.gz
unzip master.zip
cd bowtie2-2.3.5.1
```


4. 执行以下命令，将SIMDe的文件拷贝到Bowtie2中。

```
cp -a ../simde-0.7.0-rc-1/simde third_party/simde
```


5. 执行以下命令，将sse2neon.h文件拷贝到Bowtie2。

```
cp -a ../sse2neon-master/SSE2NEON.h third_party/simde/simde/x86/
```


6. 执行以下命令，进行编译。

```
CC=`which gcc` CXX=`which g++` CXXFLAGS='-O3 -march=armv8.2-a -mtune=tsv110' CFLAGS='-O3 -march=armv8.2-a -mtune=tsv110' make NO_TBB=1 POPCNT_CAPABILITY=0 all
```