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title: 运行验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengtrinity_02_0019.html
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# 运行验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令，设置环境变量。

```
export PATH=
/path/to/SAMTOOLS
/bin:$PATH
export PATH=
/path/to/SALMON
/bin:$PATH
export PATH=
/path/to/JELLYFISH
/bin:$PATH
export PATH=
/path/to/BOWTIE2
/bowtie2-2.3.5.1:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=
/path/to/PYTHON
/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=
/path/to/PYTHON
/bin:$PATH
export PATH=
/path/to/TRINITY
/trinityrnaseq-2.11.0:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH
=
/path/to/HTSLIB
/lib:$LD_LIBRARY_PATH
```


3. 执行以下命令，进入算例目录并解压算例。

```
cd
/path/to/CASE
gzip -d SRR3050898_1.fastq.gz && gzip -d SRR3050898_2.fastq.gz
```


4. 执行以下命令调整JAVA最大Heap的大小为30G。

```
sed -i 's/bflyHeapSpaceMax = "10G"/bflyHeapSpaceMax = "30G"/g'
/path/to/TRINITY
/trinityrnaseq-2.11.0/Trinity
```


5. 执行以下命令，运行算例。

```
{ time Trinity --seqType fq --left SRR3050898_1.fastq --right SRR3050898_2.fastq --CPU 128 --max_memory 200G --output trinity_kp_`date '+%Y%m%d%H%M%S'`; } 2>&1 | tee -a `hostname`_`date '+%Y%m%d%H%M%S'`.log
```


  结果样例如图1所示。

  图1 样例结果