---
title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengvarscan_02_0006.html
sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengvarscan_02_0006.html
indexId: 101437fd864e4af350f58231fb3a06d19e5bd61045bbf7b76208be81fe6a0d2669
---
# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令安装相关依赖包。

```
yum install ncurses-devel.aarch64 bzip2-devel.aarch64 xz-devel.aarch64 java-1.8.0-openjdk-devel.aarch64 -y
```


3. 执行以下命令进入“SAMTOOLS”目录。

```
cd
/path/to/SAMTOOLS
```


4. 执行以下命令解压Samtools工具包。

```
tar -xvf samtools-1.10.tar.gz
```


5. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd samtools-1.10
```


6. 执行以下命令进行配置。

```
./configure --prefix=
/path/to/SAMTOOLS/
samtools-1.10-build
```


7. 执行以下命令进行编译安装。

```
make -j16
make install
```


8. 执行以下命令添加Samtools环境变量。

```
export PATH=
/path/to/SAMTOOLS/
samtools-1.10-build/bin:$PATH
```


9. 执行以下命令进入VarScan目录。

```
cd
/path/to/VARSCAN
```


10. 执行以下命令解压“varscan-2.4.2.tar.gz”。

```
tar -
xvf varscan-2.4.2.tar.gz
```


11. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd varscan-2.4.2
```


12. 执行以下命令测试VarScan环境。

```
java -jar VarScan.v2.4.2.jar
```


  回显显示如下信息，则表示环境正常。