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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengvarscan_02_0007.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令拷贝用例文件并进入测试目录。

```
cp hg19.fa
/path/to/VARSCAN/
varscan-2.4.2
cp bwa.sam
/path/to/VARSCAN/
varscan-2.4.2
cd
/path/to/VARSCAN/
varscan-2.4.2
```


3. 执行以下命令使用Samtools工具转换格式并排序。

```
samtools view -bS bwa.sam > bwa.bam
samtools sort -@96 -o bwa.sort.bam bwa.bam
```


4. 执行以下命令使用Samtools工具处理用例文件。

```
samtools mpileup -f hg19.fa bwa.sort.bam > myData.pileup
```


5. 执行以下命令运行用例。

```
{ time java -jar VarScan.v2.4.2.jar pileup2snp myData.pileup > VarScan.vcf ; } 2>&1 |tee varscan.log
```


  运行结束后，会在当前目录下生成“VarScan.vcf”和“varscan.log”文件，其中“VarScan.vcf”为用例对比结果文件，“varscan.log”为运行日志。

  需要查看“varscan.log”日志中的“real”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。

  输出的结果样例如图1所示。

  图1 结果样例