--- title: 编译和安装 description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。" url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengvmd_02_0008.html sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kunpengvmd_02_0008.html indexId: 92742004d6a11f9b57276277fabf9fcbc78b913037eb7a514973ffcc1cc7385f65 --- # 编译和安装 #### 操作步骤 1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。 2. 执行以下命令进入主程序安装目录。 ``` cd /path/to/VMD ``` 3. 执行以下命令解压安装包。 ``` tar -xvf vmd-1.9.4a55.src.tar.gz ``` 4. 执行以下命令进入解压后路径。 ``` cd vmd-1.9.4a55 ``` 5. 执行以下命令安装fltk。 ``` yum install fltk fltk-devel ``` 6. 执行以下命令安装actc。 a. 执行以下命令创建并进入“actc”目录。 ``` mkdir -p /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/actc cd /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/actc ``` b. 下载actc安装包。 下载地址：https://sourceforge.net/projects/actc/(https://sourceforge.net/projects/actc/) c. 执行以下命令解压安装包。 ``` tar xvf actc-1.1.tar.gz ``` d. 执行以下命令编译actc。 ``` mv actc-1.1/* ./ make ``` 若回显信息中有“libactc.a”，则表示编译成功。需要额外信息请查看README。 7. 执行以下命令安装stride。 a. 执行以下命令进入“stride”目录。 ``` cd /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/stride ``` b. 下载stride安装包。 下载地址：https://github.com/stride3d/stride(https://github.com/stride3d/stride) c. 执行以下命令解压安装包。 ``` tar xvf stride.tar.gz ``` d. 执行以下命令安装stride。 ``` make ``` e. 执行以下命令创建软连接。 ``` ln -s /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/stride/stride /path/to/VMD/ vmd-1.9.4a55/lib/stride/stride_LINUXARM64 ``` 8. 执行以下命令安装surf。 a. 执行以下命令进入“surf”目录。 ``` cd /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/surf ``` b. 执行以下命令解压安装包。 ``` tar xvf surf.tar.Z ``` c. 执行以下命令安装surf。 ``` yum install imake make depend make surf ``` d. 执行以下命令创建软连接。 ``` ln -s /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/stride/surf /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/stride/surf_LINUXARM64 ``` 9. 执行以下命令安装vrpn。 a. 执行以下命令创建并进入“vrpn”目录。 ``` mkdir -p /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/vrpn cd /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/vrpn ``` b. 下载vrpn安装包。 下载地址：https://github.com/vrpn/vrpn(https://github.com/vrpn/vrpn) c. 执行以下命令解压安装包。 ``` unzip vrpn-master.zip ``` d. 执行以下命令安装vrpn。 ``` mv vrpn-master/* ./ mkdir build cd build yum install cmake libarchive cmake ../ -DCMAKE_INSTAL_PREFIX= /path/to/vmd /vmd-1.9.4a55/lib/vrpn/ make && make install ``` 10. 执行以下命令安装tachyon。 a. 执行以下命令进入“tachyon”目录。 ``` cd /path/to/VMD / vmd-1.9.4a55/lib/tachyon ``` b. 下载tachyon安装包。 下载地址：http://jedi.ks.uiuc.edu/~johns/raytracer/files/0.99b6/tachyon-0.99b6.tar.gz(http://jedi.ks.uiuc.edu/~johns/raytracer/files/0.99b6/tachyon-0.99b6.tar.gz) c. 执行以下命令解压安装包。 ``` tar xvf tachyon-0.99b6.tar.gz ``` d. 执行以下命令进入安装包“unix”目录。 ``` cd tachyon/unix ``` e. 执行以下命令修改配置文件“Make-config”。 1. 打开配置文件“Make-config”。 ``` vi Make-config ``` 2. 按“i”进入编辑模式，将支持JPEG和PNG部分全部注释掉。 修改前： ``` 169 USEJPEG= 170 JPEGINC= 171 JPEGLIB= … 189 USEPNG= 190 PNGINC= 191 PNGLIB= ``` 修改后： ``` 169 #USEJPEG= 170 #JPEGINC= 171 #JPEGLIB= … 189 #USEPNG= 190 #PNGINC= 191 #PNGLIB= ``` 执行10.e.i之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。 3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。 f. 执行以下命令去除-m64编译参数。 ``` sed -i "s/-m64//" Make-arch ``` g. 执行以下命令修改“spaceball.c”文件。 1. 打开“spaceball.c”文件。 ``` cd ../ demosrc vi spaceball.c ``` 2. 按“i”进入编辑模式，将第35行的port修改为serialport，以及在第109、110、111行添加括号。 修改前： ``` 35 if (port != NULL) { … 109 if ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_PICK) && (buttons & SBALL_BUTTON_PICK)) || 110 (buttonchanged & SBALL_BUTTON_1) && (buttons & SBALL_BUTTON_1)) || 111 (buttonchanged & SBALL_BUTTON_LEFT) && (buttons & SBALL_BUTTON_LEFT)) ) { ``` 修改后： ``` 35 if (serialport != NULL) { … 109 if (((buttonchanged & SBALL_BUTTON_PICK) && (buttons & SBALL_BUTTON_PICK)) || 110 ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_1) && (buttons & SBALL_BUTTON_1)) || 111 ((buttonchanged & SBALL_BUTTON_LEFT) && (buttons & SBALL_BUTTON_LEFT)) ) { ``` 执行10.g.i之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。 3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。 h. 执行以下命令安装tachyon。 ``` cd ../unix make linux-64-thr ``` i. 执行以下命令创建软连接。 ``` ln –s /path/to/vmd /vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr/tachyon /path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon_LINUXARM64 ``` 11. 执行以下命令安装Tcl/Tk 8.5。 a. 下载Tcl、Tk的rpm包。 Tcl下载地址：https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tcl-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm(https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tcl-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm) https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tcl-devel-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm(https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tcl-devel-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm) Tk下载地址：https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tk-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm(https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tk-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm) https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tk-devel-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm(https://mirrors.huaweicloud.com/centos-vault/altarch/7/os/aarch64/Packages/tk-devel-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm) b. 使用SFTP工具将Tcl、Tk的rpm包上传至服务器“/path/to/rpm”目录。 c. 执行以下命令安装Tcl、Tk。 ``` cd /path/to/rpm rpm –ivh tcl-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm rpm –ivh tcl-devel-8.5.13-8.el7.aarch64.rpm rpm –ivh tk-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm rpm –ivh tk-devel-8.5.13-6.el7.aarch64.rpm ``` 12. 执行以下命令编译plugins。 a. 执行以下命令进入“plugins”目录。 ``` cd /path/to/VMD / plugins ``` b. 执行以下命令设置Tcl头文件和库文件环境变量。 ``` export TCL_INCLUDE_DIR=/usr/share/tcl8.5 export TCL_LIBRARY_DIR=/usr/lib64/tcl8.5 ``` c. 执行以下命令编译。 ``` make LINUXARM64 mkdir /path/to/vmd /vmd-1.9.4a55/plugins export PLUGINDIR= /path/to/vmd /vmd-1.9.4a55/plugins make distrib ``` 13. 执行以下命令编译VMD。 a. 执行以下命令进入“vmd-1.9.4a55”目录。 ``` cd /path/to/vmd /vmd-1.9.4a55/ ``` b. 执行命令修改配置文件。 1. 打开配置文件。 ``` vi configure ``` 2. 按“i”进入编辑模式。 - 设置安装路径信息。 ``` $install_bin_dir="/path/to/vmd/ vmd-1.9.4a55/bin"; $install_library_dir="/path/to/vmd/ vmd-1.9.4a55/lib/vmd"; ``` - 设置tachyon环境变量。 ``` $libtachyon_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon"; $libtachyon_include="-I/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/src"; $libtachyon_library="-L"/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr; ``` - 修改LINUXARM64的$arch_nvccflags参数，注释掉"-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " 。 修改前： ``` 16 $install_bin_dir="/usr/local/bin"; 17 18 # Directory where VMD files and executables are installed 19 $install_library_dir="/usr/local/lib/$install_name"; … 1354 $libtachyon_dir = "$vmd_library_dir/tachyon"; 1355 $libtachyon_include = "-I$libtachyon_dir/include"; 1356 $libtachyon_library = "-L$libtachyon_dir/lib_$config_arch"; … 2627 "-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " . ``` 修改后： ``` 16 $install_bin_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/bin"; 17 18 # Directory where VMD files and executables are installed 19 $install_library_dir="/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/vmd"; … 1354 $libtachyon_dir = "/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon"; 1355 $libtachyon_include = "-I/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/src"; 1356 $libtachyon_library = "-L/path/to/vmd/vmd-1.9.4a55/lib/tachyon/tachyon/compile/linux-64-thr"; … 2627 #"-gencode arch=compute_30,code=compute_30 " . ``` 执行13.b.i之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。 3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。 c. 执行以下命令编译。 ``` ./configure LINUXARM64 EGLPBUFFER CUDA IMD LIBTACHYON ZLIB COLVARS TCL PTHREADS SILENT cd src && make veryclean make ``` 若显示中出现“No resource compiler required on this platform”，表示编译顺利。 ``` make install ``` 若回显信息中显示"Make sure /Projects/vmd/ vmd-1.9.4a55/bin is in your path.VMD installation complete. Enjoy!"，表示安装成功。