---
title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kylin_kunpeng_svim_svimv200_02_0005.html
sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/kylin_kunpeng_svim_svimv200_02_0005.html
indexId: 704bbb8ade11a48bc8a15fb8315933b0320f18dfcd41ceb92a6bc6cc2f87e57382
---
# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入主程序安装目录。

```
cd
/path/to/SVIM
```


3. 执行以下命令创建虚拟Python环境。

```
python -m venv test
python3 -m venv test
source test/bin/activate
```


4. 执行以下命令安装依赖。

```
pip install --upgrade pip --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
pip install matplotlib --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
pip install  pysam scipy edlib scikit-build --trusted-host mirrors.tools.huawei.com -i http://mirrors.tools.huawei.com/pypi/simple
```


5. 执行以下命令下载pyspoa安装包。

```
git clone --recursive https://github.com/nanoporetech/pyspoa.git
```


6. 执行以下命令进入pyspoa安装目录。

```
cd pyspoa
```


7. 执行以下命令安装pyspoa依赖。

```
pip install -r requirements.txt
```


8. 执行以下命令修改配置文件。

```
sed -i 's/-msse4.1//g' `grep -rl 'msse4.1'`
```


9. 执行以下命令安装pyspoa。

```
make build
```


10. 执行以下命令进入SVIM安装目录。

```
cd ../vim
```


11. 执行以下命令安装SVIM 。

```
pip install .
```