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title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令使用Yum安装依赖包。

```
yum install cmake* flex* bison* bison* -y
```


3. 执行以下命令进入“/path/to/AMBER”目录。

```
cd
/path/to/AMBER
```


4. 执行以下命令解压安装包。

```
tar -xvf AmberTools21.tar.bz2
```


5. 执行以下命令进入解压后目录。

```
cd amber20_src
```


6. 执行以下命令修改编译器选项。

  a. 打开编译器。

```
vim amber20_src/cmake/AmberCompilerConfig.cmake
```


  b. 按“i”进入编辑模式，将第136行的“gfortran”修改为“flang”。
    执行6.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
7. 执行以下命令进入AMBER的“build”目录。

```
cd amber20_src/build
```


8. 执行以下命令修改“run_cmake”文件的配置选项。

  a. 打开“run_cmake”文件。

```
vi run_cmake
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

```
#  Assume this is Linux:
CFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
CXXFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wno-c++11-narrowing -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
FCFLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -I/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/include -L/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/lib -fuse-ld=lld" \
cmake $AMBER_PREFIX/amber20_src \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$AMBER_PREFIX/amber20 \
-DCOMPILER=CLANG  \
-DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
-DDOWNLOAD_MINICONDA=FALSE -DMINICONDA_USE_PY3=FLASE \
-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \
-DCMAKE_C_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
-DCMAKE_CXX_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -Wno-c++11-narrowing -Wl,-z,muldefs -fuse-ld=lld" \
-DCMAKE_Fortran_FLAGS="-O3 -mllvm -force-customized-pipeline -march=armv8.2-a -mcpu=tsv110 -I/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/include -L/path/to/Hmpi111Bisheng210/hmpi/lib -fuse-ld=lld" \
2>&1 | tee  cmake.log
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
9. 执行以下命令修改“se_etimer.F”配置文件。

  a. 打开“se_etimer.F”配置文件。

```
vi ../../amber20_src/AmberTools/src/sebomd/se_etimer.F
```


  b. 按“i”进入编辑模式，注销第28行的内容“tnow = 0.01*mclock()”，并新增如下内容。

```
call cpu_time(tnow)
```


    执行9.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
10. 执行以下命令编译AmberTools。

```
./run_make
```


11. 执行以下命令进行安装。

```
make install
```


12. 执行以下命令配置环境变量。

```
source
/path/to/AMBER
/amber20/amber.sh
```