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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入Amber21自带的算例文件夹。

```
cd
/path/to/AMBER
/amber21/AmberTools/benchmarks/nab
```


3. 执行以下命令修改“bench_amber”文件。

  a. 打开“bench_amber”文件。

```
vi bench_amber
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

```
#!/bin/sh
sander=sander.MPI
cat<<EOF > mdin
benchmark a short md
&cntrl
igb=1, cut=20.0, rgbmax=20.0,
tempi=50.0, temp0=100.0, tautp=0.4, ntt=1,
ntb=0, nstlim=1000, ntpr=10,
ntx=1, irest=0,
ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001,
/
EOF
$DO_PARALLEL $sander -O -i mdin -p $1.top -c $1.mc.x -o $1.md.o
/bin/rm mdin restrt mdinfo
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
4. 执行以下命令进行并行计算。

```
nab bench_md.nab
time ./bench_md gcn4dna
```


  输出的结果样例如下图所示。