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title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/openmind_kunpengbwa_02_0006.html
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# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入BWA安装包所在目录。

```
cd
/path/to/BWA
```


3. 执行以下命令解压BWA安装包。

```
tar -xvf bwa-0.7.17.tar.bz2
```


4. 执行以下命令进入解压后的目录。

```
cd bwa-0.7.17
```


5. 执行以下命令获取“SSE2NEON.h”文件。

```
git clone
https://github.com/jratcliff63367/sse2neon.git
```


6. 执行以下命令将“SSE2NEON.h”拷贝到编译器的安装目录下。

```
cp SSE2NEON.h
/opt/compiler
/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux/lib/clang/10.0.1/include
```


  请用户根据实际情况修改编译器路径，并严格按照文档写出的路径进行添加、调整，否则将报错。

7. 执行以下命令修改BWA的“Makefile”文件。

  a. 打开“Makefile”文件。

```
vi Makefile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改“Makefile”文件的第1行和第14行的内容。

```
CC=clang
INCLUDES= -I
/opt/compiler
/bisheng-compiler-1.3.3-aarch64-linux/lib/clang/10.0.1/include
```


    执行7.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
8. 执行以下命令修改“ksw.c”文件。

  a. 打开“ksw.c”文件。

```
vi ksw.c
```


  b. 按“i”进入编辑模式，去掉“ksw.c”文件的第29行原内容的注释（使用：/* */ 注释），并编辑如下内容。

```
#include <SSE2NEON.h>
```


    执行8.a之后，按“Esc”键，输入“:set nu”，按“Enter”即可显示出行号。

  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
9. 执行以下命令进行编译。

```
make
```


10. 执行以下命令加载BWA环境。

```
export PATH=
/path/to/BWA
/bwa-0.7.17:$PATH
```


11. 编译完成后执行以下命令，查看编译是否成功。

```
bwa
```


  回显信息中显示如下内容，表示编译成功。

```
Usage:   bwa <command> [options]
```