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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/openmind_kunpengbwa_02_0007.html
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入工作路径。

```
cd
/path/to/CASE
```


3. 执行以下命令获取算例。

```
wget
https://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR104/008/ERR1044518/ERR1044518_1.fastq.gz
wget
https://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR104/008/ERR1044518/ERR1044518_2.fastq.gz
wget
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz -O
hs38DH.fasta
```


4. 执行以下命令解压算例文件。

```
gzip -d
ERR1044518_1.fastq.gz
gzip -d
ERR1044518_2.fastq.gz
```


5. 执行以下命令创建索引文件。

```
bwa index -a bwtsw hs38DH.fasta
```


6. 执行以下命令运行测试。

```
bwa mem -t
128
hs38DH.fasta
ERR1044518_1.fastq
ERR1044518_2.fastq
> bwa.sam 2>&1 |tee bwa_log
```


  “128”表示使用的核心数，请用户根据机器配置进行更改。

  查看“bwa_log”日志中的“Real time”数值，单位是“s”，数值越少性能越优。