--- title: 运行和验证 description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。" url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/openmind_kunpenggromacs_02_0011.html sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/openmind_kunpenggromacs_02_0011.html indexId: 7cf34605e325c9520279b22e396431460c5927a875fbde874712b6c646daf1a578 --- # 运行和验证 #### 单节点 1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。 2. 执行以下命令创建工作目录并将算例文件上传。 ``` mkdir -p path/to/CASE ``` 3. 执行以下命令解压算例文件。 ``` tar xvf water_GMX50_bare.tar.gz ``` 4. 执行以下命令进入解压后的目录。 ``` cd water-cut1.0_GMX50_bare/0768 ``` 5. 执行以下命令生成topol.tpr文件。 ``` gmx_mpi grompp -f pme.mdp ``` 6. 执行以下命令查看是否生成topol.tpr文件。 ``` ll topol.tpr ``` ``` -rw-r--r-- 1 root root 18448672 Jan 11 16:41 topol.tpr ``` 7. 执行以下命令进行运行。 ``` mpirun --allow-run-as-root --mca btl ^openib -np -x OMP_NUM_THREADS= gmx_mpi mdrun -dlb yes -v -nsteps 10000 -resethway -noconfout -pin on -ntomp 4 -s topol.tpr ``` np为MPI进程数量，如果没有开启超线程技术，MPI进程数乘以OMP线程数应该小于等于CPU核数，例如命令中MPI进程数24乘以OMP线程数4应该小于等于环境上CPU核数。 需要查看日志文件md.log中的“Performance”中的“ns/day”数值，单位是“ns/ day”，数值越高性能越优。 测试结果样例如下所示。 ``` Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 1.1%. Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: X 0 % Y 0 % Average PME mesh/force load: 1.033 Part of the total run time spent waiting due to PP/PME imbalance: 2.1 % Core t (s) Wall t (s) (%) Time: 14806.100 154.231 9600.0 (ns/day) (hour/ns) Performance: 5.603 4.283 GROMACS reminds you: "Come on boys, Let's push it hard" (P.J. Harvey) ``` #### 双节点 1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。 2. 执行以下命令创建工作目录并将算例文件上传。 ``` mkdir -p path/to/CASE ``` 3. 执行以下命令解压算例文件。 ``` tar xvf water_GMX50_bare.tar.gz ``` 4. 执行以下命令进入解压后的目录。 ``` cd water-cut1.0_GMX50_bare/0768 ``` 5. 执行以下命令创建“host”文件。 ``` vi host ``` ``` hostname1 hostname2 ``` hostname1和hostname2为双节点的主机名。 6. 执行以下命令进行运行。 ``` mpirun --allow-run-as-root --hostfile host --mca btl ^openib -np -N -x OMP_NUM_THREADS= -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH gmx_mpi mdrun -dlb yes -v -nsteps 10000 -resethway -noconfout -pin on -ntomp 4 -s topol.tpr ``` **表1 参数说明** | 参数 | 说明 | | --- | --- | | \-\-hostfile | 使用的节点文件。 | | \-np | MPI运行的总进程数。 | | \-N | 每个节点上运行的进程数。 | 若没有开启超线程技术，MPI进程数乘以OMP线程数应该小于等于CPU核数。此处例子为双节点np为48，N为各个节点的进程数量，OMP_NUM_THREADS线程数为4，使用CPU核数为2*24*4=192核。 算例文件应存储在共享目录下，PATH与LD_LIBRARY_PATH变量应与配置编译环境编译配置中一样。 需要查看日志文件md.log中的“Performance”中的“ns/day”数值，单位是“ns/ day”，数值越高性能越优。 测试结果样例如下所示。 ``` Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 1.3%. Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: X 0 % Y 0 % Average PME mesh/force load: 1.017 Part of the total run time spent waiting due to PP/PME imbalance: 2.2 % Core t (s) Wall t (s) (%) Time: 13667.657 71.196 19197.2 (ns/day) (hour/ns) Performance: 11.603 1.965 GROMACS reminds you: "Come on boys, Let's push it hard" (P.J. Harvey) ```