---
title: 编译和安装
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
url: https://www.hikunpeng.com/document/detail/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/openmind_kunpengnamd_02_0008.html
sourcePath: /source/zh/kunpenghpcs/hpcindapp/prtg-osc/openmind_kunpengnamd_02_0008.html
indexId: 73a4608f76851bc1a22e2900980167690b2177914e7ef4c8b3225c11f8bc938b75
---
# 编译和安装

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入安装目录。

```
cd
/path/to/NAMD
```


3. 执行以下命令创建并进入主程序安装目录。

```
mkdir NAMD-2.13
cd NAMD-2.13
```


4. 执行以下命令创建“build”目录。

```
mkdir build install
```


5. 执行以下命令进行配置。

```
export BUILD_DIR=
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build
export INSTALL_DIR=
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/install
```


6. 执行以下命令设置编译器环境变量（若设置失败可使用绝对路径）。

```
export CC=mpicc
export CXX=mpicxx
export FC=mpif90
```


7. 执行以下命令进入“build”文件夹。

```
cd
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build
```


8. 将Charm压缩包上传至“build”文件夹下。
9. 执行以下命令安装Charm。

```
tar -xvf charm-6.9.0.tar.gz
cd charm-6.9.0
mkdir ${INSTALL_DIR}/charm690/
cp src/arch/mpi-linux-x86_64 src/arch/mpi-linux-arm8 -rf
grep -rl 'm64' src/arch/mpi-linux-arm8 | xargs sed -i 's/\-m64//g'
./build charm++ mpi-linux-arm8 smp --with-production --destination=
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/install/charm690/mpi-linux-arm8
```


10. 执行以下命令进入“build”文件夹。

```
cd
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build
```


11. 执行以下命令解压NAMD安装包。

```
tar -zxvf NAMD_2.13_Source.tar.gz
```


12. 执行以下命令进入解压后目录。

```
cd NAMD_2.13_Source
```


13. 执行以下命令进行Linux-ARM64.fftw3更名。

```
cp arch/Linux-x86_64.fftw3 arch/Linux-ARM64.fftw3
```


14. 执行以下命令进入“NAMD-2.13”目录。

```
cd
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13
```


15. 利用SFTP工具上传tcl压缩包至当下目录。
16. 执行以下命令解压tcl文件。

```
tar -xzvf tcl8.5.9-linux-arm64-threaded.tar.gz
```


17. 执行以下命令修改“Make.charm”文件。

  a. 打开“Make.charm”文件。

```
cd
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
vi Make.charm
```


  b. 按“i”进入编辑模式，修改如下内容。

```
CHARMBASE =
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/install/charm690
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
18. 执行以下命令修改“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

  a. 打开“Linux-ARM64-g++.arch”文件。

```
cd
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source
vi arch/Linux-ARM64-g++.arch
```


  b. 按“i”进入编辑模式，编辑如下内容。

```
NAMD_ARCH = Linux-ARM64
CHARMARCH = mpi-linux-arm8
#FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer -mcpu=cortex-a9 -mtune=cortex-a9
FLOATOPTS = -O2 -ffast-math -funsafe-math-optimizations -fomit-frame-pointer
CXX = clang++
CXXOPTS = $(FLOATOPTS)
CXXNOALIASOPTS = $(FLOATOPTS) -fno-strict-aliasing
CC = clang
COPTS = $(FLOATOPTS)
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
19. 执行以下命令配置NAMD。

```
./config Linux-ARM64-g++ --with-fftw3 --fftw-prefix
/path/to/FFTW
--with-tcl --tcl-prefix
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/tcl8.5.9-linux-arm64-threaded --charm-arch mpi-linux-arm8
```


20. 执行以下命令进入“Linux-ARM64-g++”目录。

```
cd Linux-ARM64-g++
```


21. 执行以下命令编译安装NAMD。

```
make
```


22. 执行以下命令查看是否生成可执行文件。

```
ls
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/namd2
```


  若有“namd2”文件，则表示编译成功。