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title: 运行和验证
description: "1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。"
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# 运行和验证

#### 操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令设置NAMD执行文件的环境变量。

```
e
xport PATH=
/path/to/NAMD
/NAMD-2.13/build/NAMD_2.13_Source/Linux-ARM64-g++/:$PATH
```


3. 执行以下命令进入测试算例存放目录。

```
cd
/path/to/CASE
```


4. 执行以下命令解压算例文件。

```
tar -xf apoa1.tar.gz
```


5. 执行以下命令修改算例文件。

  a. 打开算例文件。

```
vi apoa1/apoa1.namd
```


  b. 按“i”进入编辑模式，将如下内容添加至“apoa1/apoa1.namd”文件的最后。

```
FFTWEstimate yes
FFTWUseWisdom no
```


  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
6. 执行以下命令运行测试。

```
cd apoa1
mpirun --allow-run-as-root --mca btl ^openib -np 1 namd2 +ppn 32 apoa1.namd +setcpuaffinity 2>&1 |tee -a namd.log
```


7. 若需要多节点测试，则执行以下命令先创建“hostfile”文件。

  a. 创建“hostfile”文件。

```
vi hostfile
```


  b. 按“i”进入编辑模式，编辑如下内容。

```
Node1
Node2
```


    Node1和Node2为主机名，请依照实际情况修改，并保证节点相互可以Ping通。

  c. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
8. 若是多节点测试，则执行以下命令进行测试。

```
time mpirun --allow-run-as-root -x PATH=$PATH -x LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH --hostfile
hostfile
--mca btl ^openib -np
-N
namd2 +ppn 32
apoa1.namd +setcpuaffinity 2>&1 |tee -a namd.log
```

| 参数 | 说明 |
| --- | --- |
| \-np | 测试使用的总进程数。 |
| \-N | 每个服务器上运行的进程数。 |
| \-\-hostfile | 使用的节点名字。 |


  测试结果如下图所示。