运行和验证

操作步骤

1. 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
2. 执行以下命令进入“/path/to/CASE”目录。

   cd /path/to/CASE

3. 执行以下命令设置HISAT执行文件的环境变量。

   export PATH=/path/to/HISAT2/hisat2-2.1.0/:$PATH

4. 执行以下命令解压表2中的“bdgp6.tar.gz”。

   cd /path/to/CASE
   tar -xvf bdgp6.tar.gz
   cd bdgp6

5. 执行以下命令修改“make_bdgp6.sh”文件。
   1. 打开“make_bdgp6.sh”文件。

      vi make_bdgp6.sh

   2. 按“i”进入编辑模式，注释如下内容。

      # ENSEMBL_BASE=ftp://xxxxxxxx

   3. 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。

6. 使用STFP工具，将四个算例文件“Drosophila_melanogaster.BDGP6.dna.toplevel.fa.gz”、“Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz”、“R1.fq.gz”和“R2.fq.gz”拷贝到“/path/to/CASE/bdgp6”目录下。
7. 执行以下命令解压文件。

   gzip -d Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf.gz
   gzip -d Drosophila_melanogaster.BDGP6.dna.toplevel.fa.gz
   gzip -d R1.fq.gz
   gzip -d R2.fq.gz

8. 执行以下命令，重命名“fa”文件。

   mv Drosophila_melanogaster.BDGP6.dna.toplevel.fa genome.fa

9. 执行以下命令运行“make_bdgp6.sh”文件。

   ./make_bdgp6.sh

10. 执行以下命令建立转录组。

    extract_exons.py Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf > genome.exon
    extract_splice_sites.py Homo_sapiens.GRCh38.86.chr.gtf > genome.ss

11. 执行以下命令将基因组和转录组建立索引。

    hisat2-build -p96 genome.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran

12. 执行以下命令运行HISAT2。

    hisat2 -t -p 96 -x genome_tran -1 R1.fq -2 R2.fq -S Test.sam

    需要查看日志中“Overall time”数值，单位是“XX时:XX分:XX秒”，数值越小性能越优。

    测试结果样例如图1所示。

    图1 测试样例