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环境要求

硬件要求

硬件要求如表1所示。

表1 硬件要求
项目	说明
CPU	鲲鹏920处理器

软件要求

软件要求如表2所示。

表2 软件要求
项目	版本	下载地址
GATK	4.0.0.0	https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.0.0.0/gatk-4.0.0.0.zip
Samtools	0.1.9	https://master.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.9/samtools-0.1.9.tar.bz2
BLAT	35.1	https://codeload.github.com/djhshih/blat/tar.gz/v35.1
BWA	0.7.17	https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2/download
Hadoop	3.1.2	https://archive.apache.org/dist/hadoop/common/hadoop-3.1.2/hadoop-3.1.2.tar.gz
Spark	2.4.4	https://archive.apache.org/dist/spark/
测试算例1	SRR742200_1.fastq	http://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR742/SRR742200/SRR742200_1.fastq.gz
测试算例2	SRR742200_2.fastq	http://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR742/SRR742200/SRR742200_2.fastq.gz
测试算例3	human_g1k_v37.fasta	http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz
测试算例4	dbsnp132_20101103.vcf	http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/dbsnp132_20101103.vcf.gz

操作系统要求

操作系统要求如表3所示。

表3 操作系统要求
项目	版本	下载地址
CentOS	7.6	https://www.centos.org/download/
Kernel	4.14.0-115	包含在操作系统镜像中。

父主题： GATK 4.0.0.0 移植指南（CentOS 7.6）