介绍

kallisto是一个程序，用于量化来自RNA-Seq数据的转录本丰度，或者更普遍的使用高通量测序读取的目标序列。它基于伪对齐的新思想，用于快速确定读取与目标的兼容性，而无需对齐。在使用标准RNA-Seq数据的基准测试中，kallisto可以在Mac台式计算机上在不到3分钟的时间内量化3000万个人类大量RNA-seq读数，仅使用读取序列和转录组索引本身需要10分钟以上的时间来构建。读取的伪对齐保留了量化所需的关键信息，因此kallisto不仅速度快，而且与其他现有的量化工具相当准确。事实上，由于伪对齐程序对读取中的错误具有鲁棒性，因此在许多基准测试中kallisto的性能明显优于现有工具。

关于kallisto的更多信息请访问kallisto官网。

语言：C/C++。

一句话描述：Kallisto是一个程序，用于量化来自RNA-Seq数据的转录本丰度，或者更普遍的使用高通量测序读取的目标序列。

开源协议：GPLv3。