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安装HIO桥接目标库

  • HIO通过桥接目标库来实现应用加速,目前支持加速的应用如表1所示。为了确保实现HIO加速应用,请按照表1选择安装应用运行所需的HIO桥接目标库。
    表1 应用版本和目标库映射关系

    应用名称

    版本

    HIO桥接目标库

    WRF

    4.2.2版本

    libpnetcdf.so

    NEMO

    版本30Nov20

    libnetcdf.so

    Grapes

    CMA_GFS_3.3版本3.3

    CMA_MESO版本5.1

    libmpi.so

    LAMMPS

    4.2版本

    libhdf5.so或libpnetcdf.so

    QE

    6.4.1版本

    libhdf5.so

  • 如果动态库安装目录没有选择/usr/lib64,则需要为LD_LIBRARY_PATH或LIBRARY_PATH配置环境变量,以确保安装HIO组件时,不会再出现提示安装动态库的回显信息。假设动态库安装目录为/home/test/hiolib,以下通过为LD_LIBRARY_PATH配置环境变量为例进行说明。
    • 仅对当前会话生效:

      export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/hiolib:$LD_LIBRARY_PATH

    • 对当前用户生效:
      1. 执行以下命令,进入~/.bashrc文件。

        vim ~/.bashrc

      2. 执行以下命令,在文件~/.bashrc中添加环境变量。

        export LD_LIBRARY_PATH=/home/test/hiolib:$LD_LIBRARY_PATH

      3. 执行以下命令保存退出。

        :wq!

      4. 执行以下命令,使配置立即生效。

        source ~/.bashrc

安装libhdf5.so

  1. 下载hdf5源码压缩包hdf5-1.12.3.tar.gz
  2. 使用SFTP工具将hdf5-1.12.3.tar.gz上传服务器,执行以下命令解压。

    tar zxf hdf5-1.12.3.tar.gz

  3. 编译安装。
    1. 执行以下命令进入hdf5源码目录并创建build目录。

      cd hdf5-1.12.3

      mkdir build

    2. 执行配置操作。

      cd build

      ../configure --prefix=/path/to/hdf5-install

      /path/to/hdf5-install表示安装目录。

    3. 执行以下命令编译。

      make -j

    4. 执行以下命令安装。

      make install

  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含hdf5动态库。

    ls /path/to/hdf5-install/lib

    回显如下说明安装目录下已经存在hdf5动态库,表示安装成功。

    libhdf5.a  libhdf5_hl.a  libhdf5_hl.la  libhdf5_hl.so  libhdf5_hl.so.200  libhdf5_hl.so.200.1.1  libhdf5.la  libhdf5.settings  libhdf5.so  libhdf5.so.200  libhdf5.so.200.3.0

安装libnetcdf.so

  1. 下载Netcdf源码压缩包netcdf-c-4.9.2.tar.gz
  2. 使用SFTP工具将netcdf-c-4.9.2.tar.gz上传服务器,执行以下命令解压。

    tar zxf netcdf-c-4.9.2.tar.gz

  3. 编译安装。
    1. 执行以下命令进入NetCDF源码目录并创建build目录。

      cd netcdf-c-4.9.2

      mkdir build

    2. 执行配置操作。

      cd build

      ../configure --prefix=/path/to/netcdf-install

      /path/to/netcdf-install表示安装目录。

    3. 执行以下命令编译。

      make -j

    4. 执行以下命令安装。

      make install

  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含NetCDF动态库。

    ls /path/to/netcdf-install/lib

    回显如下说明安装目录下已经存在NetCDF相关动态库,表示安装成功。
    libnetcdf.a  libnetcdf.la  libnetcdf.settings  libnetcdf.so  libnetcdf.so.19  libnetcdf.so.19.2.2  pkgconfig

安装libpnetcdf.so

  1. 下载PnetCDF源码压缩包pnetcdf-1.12.1.tar.gz
  2. 使用SFTP工具将pnetcdf-1.12.1.tar.gz上传服务器,执行以下命令解压。

    tar zxf pnetcdf-1.12.1.tar.gz

  3. 编译安装。
    1. 进入PnetCDF源码目录并创建build目录。

      cd pnetcdf-1.12.1

      mkdir build

    2. 执行配置操作。

      cd build

      export MPICC=/opt/HPCKit/latest/hmpi/gcc/hmpi/bin/mpicc

      ../configure --prefix=/path/to/pnetcdf-install --enable-shared

      /path/to/pnetcdf-install表示安装目录。/opt/HPCKit表示HPCKit安装目录。

    3. 执行以下命令编译。

      make -j

    4. 执行以下命令安装。

      make install

  4. 执行以下命令检查安装目录确认是否包含PnetCDF动态库。

    ls /path/to/pnetcdf-install/lib

    回显如下说明安装目录下已经存在PnetCDF相关动态库,表示安装成功。
    libpnetcdf.a  libpnetcdf.la  libpnetcdf.so  libpnetcdf.so.4  libpnetcdf.so.4.0.1  pkgconfig
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