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设置环境变量

使用MPI的用户,需要配置环境变量,可通过environment-modules工具方式配置环境变量。

  1. 使用PuTTY工具,以Hyper MPI普通用户(例如“hmpi_user”)登录至作业执行节点。
  2. 安装environment-modules工具。
    1. 执行yum install -y environment-modules,安装environment-modules。
  1. 执行以下命令,查看environment-modules是否安装成功。

    module --version

    若module命令不可用,执行source /usr/share/Modules/init/bash命令使module命令生效。

回显如下类似信息,说明environment-modules安装成功。

Modules Release 4.1.1 (2018-02-17)
  1. 在environment-modules工具安装路径下创建并编辑“Hmpi_modulefiles”配置文件。
    1. 执行以下命令创建并打开“Hmpi_modulefiles”配置文件。

      vi /path/to/install/Hmpi_modulefiles

    2. 按“i”进入编辑模式,添加如下内容。
      #%Module1.0 
      #  HMPI module for use with 'environment-modules' package: 
      conflict mpi  
      prepend-path  OPAL_PREFIX /path/to/install/hmpi/ 
      prepend-path  PATH /path/to/install/hmpi/bin:/path/to/install/hucx/bin:/path/to/install/xucg/bin 
      prepend-path  LD_LIBRARY_PATH /path/to/install/hmpi/lib:/path/to/install/hucx/lib:/path/to/install/xucg/lib 
      prepend-path  INCLUDE /path/to/install/hmpi/include:/path/to/install/hucx/include:/path/to/install/xucg/include

      其中,/path/to/install:表示environment-modules工具的安装路径。若用户不指定安装路径,则会安装在默认路径/usr/share/Modules/modulefiles下。

  1. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。
  1. 执行以下命令,在工具安装路径下加载环境变量。

    module use /path/to/install

    module load /path/to/install/Hmpi_modulefiles

  2. 执行以下命令,将Hyper MPI环境变量写到用户的“~/.bashrc”文件中。
    1. 打开“~/.bashrc”文件。

      vi ~/.bashrc

    2. 按“i”进入编辑模式,添加如下内容。
      module use/path/to/install 
      module load/path/to/install/Hmpi_modulefiles
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

用户的“~/.bashrc”文件会默认保存在共享目录中,若共享目录下不存在该文件,请修改所有节点的“~/.bashrc”。

  1. 执行以下命令,使配置生效。

    source ~/.bashrc